生命科学学院拥有遗传工程国家重点实验室和生物多样性与生态工程教育部级重点实验室。学院有关学科主持和参与遗传学、生态学、神经生物学、生理学、病原生物学等5个国家重点学科项目建设。遗传学科被列为教育部“211工程”建设重点学科及复旦大学“985”工程“重中之重”建设学科；生物物理学、生态学被列为学校重点学科项目；脑科学和“基因多样性与设计农业”创新体系被列为学校重点交叉学科；学院参与的重点交叉学科还有蛋白组学、同步辐射应用和非线性科学；复旦大学Med-X基金项目首批共立项23项，学院教师参与的有10项。

目前，学院教师承担着国家“863”、“973”、国家自然科学基金、国家攻关课题、国家攀登计划等多项重大项目及市、部委的重大科研课题，年均科研经费达2300余万元，2002年我院的“环境基因组研究”项目以第一单位申请到国家重大基础科学研究项目(“973”项目)。近三年来，发表SCI论文160余篇，其中2001年金力教授在《Science》上发表论文一篇；申请专利400余项；获得新药证书及临床批件10余项； 获得国家级、省市部委级各种奖项累计30余项，遗传疾病血友病B的基因治疗研究项目因其国际先进性和独创性荣获国家科技发明二等奖，是1997年度全国高校系统获得的最高奖项之一；2000年余龙教授课题组被国家自然科学基金委评为“创新研究群体”；先后十余人次分别获得“求是杰出科学家奖”、“ 求是杰出青年科学家奖”、“国氏博士后奖励基金”、“跨世纪人才基金”、“上海市牡丹奖”等奖励。